会计电算化对内部控制的影响在手工操作下，内部控制制度主要是通过会计人员的岗位分工和各种内部牵制制度，以及账、证、表的定期核对，来保证会计信息的正确性。实行电算化以后，虽然会计内部控制的原则仍然适用，但却使大部分传统的控制方法和措施失去了作用，增加了新的控制内容，提供了新的控制手段和技术，改变了会计内部控制制度的重点方法和措施。
(一)内部控制形式的变化
由于电子计算机具有高速、稳定的特点，有很强的逻辑判断能力和逻辑分析能力，使内部控制形式主要有两方面的变化：
1.原手工下的一些内部控制措施在电算化下就没有存在的必要了
由于全部会计核算工作由计算机集中完成，凭证数据一次录入后即在会计软件的控制下迅速、多次、毫无差错地分别记入各种账薄，并据以编制报表，只要凭证和会计软件正确，其输出的会计信息也必然是正确的，这就使账簿之间的核对没有必要了。此外，编制科目汇总等试算平衡的检查也成为多余。
2.原手工下的一些内部控制措施，在电算化后转移到计算机内了
如凭证的借贷平衡校验;余额、发生额的平衡检查;各核算与系统之间的数据核对;报表数据的勾稽关系检查等。
(二)内部控制制度内容的变化
实现会计电算化后，给会计工作增加了新的工作内容，同时也增加了内部控制的新内容。不仅要保存好相关的纸质数据文件，还要保存、保管好已存储在电子介质中的各种会计数据和计算机程序。如编程、维护人员与计算机操作人员内部控制、计算机机内及磁盘内会计信息安全保护、计算机病毒防治，以及计算机操作管理等。
1.实行会计电算化后，会计部门内部单纯的会计核算岗位被撤销，增加了计算机操作、数据录入、凭证复核、会计软件维护、硬件维护、系统管理、系统分析、系统设计、程序编制和调试等新的工作岗位，财务管理岗位比手工条件下划分的更细、投入的人员更多、管理的更加深入。为此在电算化下必须针对新的组织机构和岗位分工重建其内部控制制度。
2.会计电算化数据的主要储存形式转变为机内文件，这使得计算机机内文件的安全保护、备份和恢复、禁止非法操作等成为会计内部控制的又一项重要内容。
3.由于计算机的应用，使防止计算机舞弊和计算机病毒破坏，成为会计内部控制一个新的、至关重要的事。
(三)内部控制的重点发生了变化
会计电算化后的内部控制的重点将放在原始数据输入、会计信息的输出控制、人机交互处理的控制、计算机系统之间连接控制几个方面。
(四)内部控制的手段和技术发生了变化
计算机的应用给我们提供了先进的控制手段和技术，使会计内部控制的许多具体的方法和措施，可以编制计算机程序进行严格的、一丝不苟的控制，如数据正确性校验，口令及操作权限控制、操作过程自动记录等。其原则是，凡是能采用计算机控制的就一定编制成计算机控制程序，因为计算机控制比人工控制更严格、更可靠，应尽量减少人工的控制量。
